1. 技術(shù)原理與實驗流程
1.1遺傳位標的選擇
45個SNP位點在小鼠基因組上的分布如圖1所示，針對各SNP位點側(cè)翼進行引物和探針設(shè)計。
圖1 48個SNP位點在小鼠基因組上的分布
1.2技術(shù)原理－－高通量PCR-LDR分型
高溫連接酶檢測反應(yīng)技術(shù)是一種成熟的SNP分型檢測方法。其原理是高溫連接酶檢測到模板DNA與兩條探針DNA的接頭處存在著堿基錯配，則連接反應(yīng)不能進行,如圖2所示。針對這45 SNP位點，將其分成4組（圖1中a,b,c,d），每組進行多重PCR-LDR分型。
1.3實驗流程
實驗流程見圖3
2實驗結(jié)果及分析
2.1測序儀檢測結(jié)果
PCR-LDR 產(chǎn)物測序儀檢測結(jié)果如圖4，從圖中可見，分型信號清晰唯一，無雜信號的干擾。此外，對部分位點經(jīng)sanger測序驗證，分型準確度為100%。
圖4：測序儀檢測結(jié)果（第二組為例）
2.2遺傳質(zhì)量檢測的有效率
對10個近交系小鼠的3批樣本（共66個）進行檢測，結(jié)果顯示，不同來源的相同品系SNP狀態(tài)完全一致。45個SNP位點全出的概率為100%。表明這套方案對于實驗中的樣本45個SNP位點完全有效。同時所測樣本在這些位點處基因型均為純合，驗證了這十個常見近交系小鼠品系為純系。
十個品系間兩兩進行位點差異比較（共45對），最大差異位點數(shù)為29個，最小位點差異數(shù)7個；平均差異位點個數(shù)為19，差異位點數(shù)中值為20(圖5)。由此可見45個SNP位點在這十個常見近交系小鼠品系中的鑒定效率較高。
圖5 任意兩個品系差異等位基因數(shù)目的分布圖
3 服務(wù)流程
3.1 標準服務(wù)流程
1)客戶溝通，確認檢測小鼠品系以及樣本數(shù)，提示實驗可行性。
2) 建立實驗方案，并在此過程中和客戶保持密切溝通。
3) 大規(guī)模實驗，有嚴格的指控流程保證實驗結(jié)果可靠
3.2 實驗數(shù)據(jù)質(zhì)量控制流程
1) 所有分型信號要求信號清晰唯一，排除不確定信號干擾。
2) 每板數(shù)據(jù)中都有陰性對照，質(zhì)控PCR和LDR污染數(shù)據(jù)。
3) 整個實驗服務(wù)流程有15%的雙盲重復(fù)對照，保證數(shù)據(jù)準確可靠。
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